Nach einer Vorgabe der Europäischen Union wird das TIR-Verfahren in den Mitgliedstaaten der EU seit 2009 im Rahmen des NCTS (New Computerized Transit System) IT-gestützt abgewickelt. Das TIR-Verfahren im NCTS erfolgt entsprechend dem Unionsversandverfahren oder gemeinsamen Versandverfahren, jedoch mit einigen Besonderheiten.

• Inhaber des Versandverfahrens ist im TIR-Verfahren der Carnet-TIR-Inhaber.
• Das TIR-Verfahren ist bereits in NCTS integriert. Wenn ein TIR-Verfahren eröffnet werden soll, wird die Versandanmeldung im Rahmen der Teilnehmereingabe/Normalverfahren oder der Internetversandanmeldung (IVA) erfasst. Das Carnet-TIR-Heft (kurz: Carnet) ist (gegebenenfalls mit dem IVA-Ausdruck) der Abgangs- oder Eingangszollstelle vorzulegen.
• Das Carnet muss weiterhin vom Wirtschaftsbeteiligten mitgeführt werden und die Zollstellen müssen auch weiterhin ihre Vermerke im Carnet machen.
• Zur Abgrenzung des TIR-Verfahrens zum Unionsversandverfahren oder gemeinsamen Versandverfahren lautet die Art der Anmeldung "TIR".
• Es muss die Carnet-TIR-Nummer im entsprechenden Feld der Versandanmeldung angegeben werden.
• Es dürfen weder Durchgangszollstelle noch Ausgangszollstelle im Versandverfahren angemeldet werden, da das Zollgebiet der Union im TIR-Verfahren als eine Vertragspartei gilt.
• Die erforderliche Sicherheitsleistung, in Form einer Sicherheitsbescheinigung, wird durch Vorlage des Carnets nachgewiesen.
• Die Gültigkeit des Carnets darf nicht überschritten sein.
• Das Fahrzeug muss ein gültiges Verschlussanerkenntnis besitzen und mit einer Kennzeichnungstafel ausgestattet sein.
• Es gibt im TIR-Verfahren derzeit noch keinen zugelassenen Versender (ZV).
• Da das TIR-Verfahren in der EU elektronisch abgewickelt wird, wird nach der Überlassung eine Druckausgabe des TIR-VBD erzeugt, die dem Blatt 2 des Carnets fest beigefügt wird und mit diesem die Waren während der Beförderung begleitet.
• Im TIR-Verfahren sind Zuladungen und Teilentladungen möglich. Dazu muss jedoch das komplette TIR-Verfahren bei der Bestimmungszollstelle beendet werden. Nach erfolgter Zuladung oder Teilentladung wird dann in NCTS ein neues TIR-Verfahren, jedoch mit demselben Carnet, eröffnet.