Von landwirtschaftspolitischer Bedeutung ist die Gemeinsame Marktorganisation, die es in der Europäischen Union für Agrarwaren, wie zum Beispiel Getreide, Milch, Zucker oder Rindfleisch, gibt. Bei der Umsetzung dieser Regelungen hat der Zoll eine wichtige Funktion.
Besonderes Merkmal der Gemeinsamen Marktorganisation ist das wirksame Vorgehen gegen drohende Marktstörungen, die durch erhebliche Preisschwankungen innerhalb der Europäischen Union sowie auf den Weltmärkten oder durch anderen Ereignisse oder Umstände hervorgerufen werden können.
Die Preisstabilisierung ist ein wichtiges Ziel, um angemessene Einkommen der landwirtschaftlichen Bevölkerung in der Europäischen Union sicherzustellen.
Zur Stabilisierung der Preise auf dem Gemeinschaftsmarkt erhebt der Zoll deshalb bei der Einfuhr von Agrarwaren in die Europäische Union Einfuhrabgaben und übernimmt Aufgaben im Zusammenhang mit dem grenzüberschreitenden Verkehr von Agrarwaren, zum Beispiel bezüglich Lizenzen und Lizenzkontingenten.
Zudem leistet der Zoll bei dem grenzüberschreitenden Verkehr von Agrarwaren im Rahmen von Unterlagen- und Warenkontrollen einen wichtigen Beitrag, um eine gesundheitlich unbedenkliche und normgerechte Qualität der Lebensmittel zu gewährleisten.