Im Rahmen des ganzheitlichen Bekämpfungsansatzes der deutschen Sicherheitsbehörden ist es Aufgabe des Zolls, den Missbrauch des grenzüberschreitenden Waren- und Bargeldverkehrs für terroristische und extremistische Zwecke umfänglich zu verhindern. Die Zollverwaltung unterstützt dadurch die originär zuständigen Staatsschutzstellen der Polizei (Bundeskrimimalamt, Landeskriminalämter und örtliche Staatsschutzstellen) und wirkt insofern bei der Terrorismusbekämpfung mit.

Das Hauptaugenmerk liegt dabei auf Lieferungen von gefährlichen Gütern wie Waffen, explosionsgefährlichen Waren, biologischen und chemischen Stoffen, radioaktiven Substanzen und logistischem Material zur Durchführung von Anschlägen.

Um Terrororganisationen den finanziellen Nachschub für ihre Aktionen abzuschneiden, ist der Zoll auch an der Überwachung des Kapital- und Zahlungsverkehrs und hier insbesondere des grenzüberschreitenden Bargeldverkehrs beteiligt. Der Zoll ist maßgeblich verantwortlich für die Überwachung der Embargo-Verordnungen der EU gegen terroristische Organisationen und Personen.

Der Zoll wird der zunehmenden Globalisierung und der veränderten internationalen Sicherheitslage mit einem modernen und effektiven Risikomanagement gerecht.