Die Leitung der Generalzolldirektion wird in der Wahrnehmung ihrer Aufgaben durch den Leitungsstab, die Gleichstellungsbeauftragte, den Behördlichen Datenschutzbeauftragten sowie die Leitende Fachkraft für Arbeitssicherheit unterstützt. Der Leitungsstab setzt sich aus den Stabsbereichen Leitungsbüro, Controlling, Innenrevision, Kommunikation, Informationssicherheit, Internationales und Deutsches Zollmuseum zusammen.

Insgesamt elf Direktionen mit bundesweiter Zuständigkeit koordinieren die Arbeit des Zolls und üben die Rechts- und Fachaufsicht über die Behörden des Zolls auf Ortsebene aus.