Neben den ggf. nachzufordernden Einfuhrabgaben können Zuwiderhandlungen im Carnet ATA-Verfahren als Ordnungswidrigkeit oder als Steuerhinterziehung geahndet werden.

Grundsätzlich folgt jedem Verfahrensfehler die Inanspruchnahme des Carnet-Inhabers und/oder des bürgenden Verbands. Verfahrensführer ist dabei die Zollstelle des Ortes der Zuwiderhandlung oder im Rahmen besonderer Zuständigkeitsregelungen deren übergeordnete Stelle. In Deutschland ist dies in der Regel das zuständige Hauptzollamt. Sollte bei den Ermittlungen festgestellt werden, dass ein anderer EU-Mitgliedstaat für die Erhebung der Einfuhrabgaben zuständig ist, wird das Verfahren an den Mitgliedstaat über die sogenannte Zentralstelle (in Deutschland die Generalzolldirektion - Direktion V) weitergeleitet.