Das Zolllagerverfahren ist erledigt, wenn die Waren in ein sich anschließendes Zollverfahren übergeführt, wiederausgeführt oder zerstört wurden.
Als Nachweis der Erledigung des Zolllagerverfahrens wird grundsätzlich ein Mehrstück der Zollanmeldung für die Überführung in ein sich anschließendes Zollverfahren verwendet.

Beispielhaft wird hier die Erledigung des Zolllagerverfahrens durch Wiederausfuhr, Überführung in ein Versandverfahren sowie Überlassung zum zollrechtlich freien Verkehr beschrieben:

• Wiederausfuhr
  Sollen die Zolllagerwaren gemäß Art. 270 UZK wieder ausgeführt werden, ist bei einer in der Bewilligung genannten Zollstelle eine Wiederausfuhranmeldung (Art. 1 Nr. 16 UZK-DA i.V.m. 221 UZK-IA) abzugeben.
  Das Zolllagerverfahren ist jedoch erst erledigt, wenn die Waren das Zollgebiet der Union unter Einhaltung der außenwirtschaftsrechtlichen Bestimmungen tatsächlich verlassen haben.
  

  
  Die Beförderung von den Lagerstätten zur Ausfuhrzollstelle und weiter zur Ausgangszollstelle (Grenzzollstelle) erfolgt im Rahmen der Wiederausfuhranmeldung (Art. 179 Abs. 2 Buchstabe c UZK-DA, Art. 267 Abs. 1 UZK-IA). Die Waren sind bei der Ausgangszollstelle zu gestellen. Dieser Zollstelle muss grundsätzlich auch das Ausfuhrbegleitdokument (ABD) vorgelegt werden. Die Ausgangszollstelle überlässt die Waren zum Ausgang, wenn Kontrollen und Risikoanalyse keine Beanstandungen ergeben haben und überwacht anschließend den Ausgang der Waren aus dem Zollgebiet der Union. Damit ist das Zolllagerverfahren erledigt. Als Nachweis hierfür dient die in ATLAS-AES erteilte Ausgangsbestätigung.

  
  

• Versandverfahren
  Das Zolllagerverfahren kann auch durch die Überführung der Waren in ein externes gemeinschaftliches Versandverfahren erledigt werden.
  Im Anschluss an die Lagerung ist das Versandverfahren z.B. sinnvoll, wenn die Waren mit der Lieferbedingung "unverzollt, ab Werk" verkauft wurden. Ein Mehrstück des Versandbegleitdokumentes dient als Nachweis der Erledigung des Zolllagerverfahrens und muss vom Lagerhalter zu den Aufzeichnungen genommen werden.

  
  

• Überlassung in den zollrechtlich freien Verkehr
  Sollen Waren aus dem Zolllagerverfahren in den zollrechtlich freien Verkehr überlassen werden, kann zwischen dem Normalverfahren mit Standardzollanmeldung oder dem zulassungsbedürftigen vereinfachten Anmeldeverfahren bzw. der Anschreibung in der Buchführung des Anmelders gewählt werden.
  
  Die Zollanmeldung zur Überlassung in den zollrechtlich freien Verkehr kann in dem IT-Verfahren ATLAS oder mit Formular 0747 bei einer in der Bewilligung genannten Zollstelle abgegeben werden. Ein Mehrstück des Zollbelegs ist Erledigungsbeleg für das Zolllagerverfahren.

  Maßgebend für die Höhe der zu zahlenden Einfuhrabgaben (Zollschuld) sind gemäß Art. 77 UZK grundsätzlich die Bemessungsgrundlagen (Menge, Zollwert, Beschaffenheit der Waren, Zollsatz), die im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung für die Überführung der Waren in den zollrechtlich freien Verkehr gelten.
  Auch die Vorschriften nichtabgabenrechtlicher Art (handelspolitische Maßnahmen sowie Verbote und Beschränkungen) müssen erst bei der Überführung in den zollrechtlich freien Verkehr beachtet werden. So müssen z.B. für einfuhrgenehmigungspflichtige Waren die vorgeschriebenen Genehmigungen zusammen mit der Zollanmeldung zur Überlassung der Waren in den zollrechtlich freien Verkehr und den übrigen Unterlagen der Zollstelle vorgelegt werden.